鲤鱼基因组和标记资源发掘-中国水产科学研究院黑龙江水产研究院

鲤鱼基因组和标记资源发掘

时间：2013/03/18 点击率：次

中国水产科学研究院对鲤鱼全基因组测序和装配：继去年完成鲤鱼全基因组框架图谱的绘制后，今年上半年主要完成了鲤鱼基因组图谱的补洞、整合和完善。目前鲤鱼基因组图谱的Version 1已经完成，覆盖鲤鱼基因组1.68 Gb的区域，contig N50长度延长到64 kb，scaffold框架N50长度1 Mb，另外，基因组序列全部整合到高密度连锁图谱上，实现了基于鲤鱼染色体的单核苷酸分辨率的图谱绘制。
SNP标记开发：继去年对多个品系进行转录组测序和约70多万个cSNP位点挖掘后，今年上半年课题组先后完成了对五个品系鲤鱼（镜鲤、黑龙江鲤、黄河鲤、瓯江彩鲤和荷包红鲤）的全基因组重测序研究，共发掘超过2500万个SNP位点，其中，五个品系共有的SNP位点约80万。课题组完成了和Affymetrix公司的多轮谈判，决定使用其技术平台构建含有25万个高质量SNP位点的分型芯片，目前已经完成了绝大多数的商务手续，另外，中心已经完成了鲤鱼25万个SNP位点的分筛挑选，已经交给Affymetrix公司用于芯片设计，预计年底之前完成制备，这将使国际上首次在水产生物中完成如此高通量的标记分型芯片，必然将推动全基因组选择育种等研究的进程。
鲤鱼生长、饲料转化率及肉质等性状相关的分子标记和功能基因发掘：
课题组利用鲤鱼转录组数据、BAC文库和基因组数据，先后完成了鲤鱼生长、肉质、摄食和食物转化率相关功能基因卵泡抑素（follistatin，FST）、CART、AgRP、MC4R、CCK、CCKAR、Leptin、载脂蛋白APO基因家族、WISP基因家族等十余个基因的克隆和功能分析，并分析了其在鲤鱼基因组中的进化和分化模式。