引物设计总结: 共送样99份,测回94份,缺少五份:hl40、hl52、hl86、hl96、hl97;测序效果不好的有六份,含有大量未知序列;假阳性五份,三个重复的8份。 三个重复: hl25; hl38; hl51; hl69; hl76; hl81; hl85(含n); 假阳性: hl49; hl79; 富含未知序列:hl7;hl18;hl37;hl57;hl64;hl69;hl72;hl91(尾含有,使后面的微卫星序列无法设计引物) 微卫星序列位置太前或太后,设计不出:hl20;hl65;hl69(含有n);hl61 重复序列:hl42(hl43) 另:hl80整个序列富含c、t,无法设计 共设计引物46对,有一些不是很满意或设计不出的,拟用primer3尝试。 微卫星序列:94个 微卫星数目85个 完美型:4;5;8;10;14;18;21;22;24;31;32;44;50;55;60;61;62;71;76;91;95;98;99;20;33;34;35;56;28个 非完美型:3;6;12;13;15;19; 27;29; 36;39;42;43;46;47;48;53;54; 58;59;63;65;66;67;68;69;73;74;75;77;80;81;83;84;87;88;89;92;93;94;39个 混合型:1;2;7;9;11;16;17;23;26;28;30;41;45;57;70;78;82; 90;18个 |