1. 获得10个性状优良镜鲤二代家系，每个家系至少包含200尾个体；建立基于QTL结果的镜鲤分子育种技术并编写计算机操作软件；建立镜鲤第三代家系20-40个；建立抗病镜鲤的家系10-20个；选育出耐盐碱鲫鱼核心群体3000尾，建立耐盐碱鲫鱼家系1-2个，在黑龙江盐碱水域试推广；
2. 获取鲤、鲫SNP位点各20000个以上；获取鲤、鲫转录组EST序列各80万条以上；完成数据库和BLUP育种平台的安装调试；建立起面向全国服务的网站，开通部分服务功能；
3. 获得利用突变育种的方法来进行鲢、鳙新材料的创建和品种选育结果；利用现有育种材料通过第2代雌核发育建立一个纯系；
4. 获得不同来源的加州鲈的遗传多样性分析结果和具有多态性的微卫星标记30个，SNP标记10个；建立加州鲈家系15个；初步建立鉴定乌鳢性别的分子标记检测技术；
5. 建立草鱼野生、养殖群体1-2个；开发微卫星标记50-100个；获得育种可用的分子标记和候选基因或新基因各2-3个；
6. 揭示D系和A＋系异育银鲫感染肝脏碘孢虫后的病理学变化差异；筛选鲢、鳙SSR和SNP等标记，确定 SSR和SNP与生长性状的连锁不平衡分析；
7. 确定2009年筛选到的SNP位点与经济性状的相关性，筛选其它功能基因的SNP位点。