对镜鲤正常与染病个体进行肾、脾两个组织基因表达谱差异研究。在肾组织表达谱差异分析中，发病鱼与未发病鱼比较获得上调基因2339个，下调基因2610个；在脾组织表达谱差异分析中，以未发病鱼为对照，发病轻度与未发病鱼显著差异表达基因4488个，其中上调基因1162个，下调基因3326个；发病中等程度与未发病鱼显著差异表达基因5411，其中上调基因965个，下调基因4446个；发病严重鱼与未发病鱼显著差异表达基因4954个，其中上调基因1375个，下调基因3579个。在三个比较中，发病中等程度与未发病鱼显著差异表达的基因最多，但上调基因数最少。
显著差异表达信号通路：以未发病鱼为对照，发病轻度与未发病鱼显著差异信号通路主要体现在14个通路中，其中7个与免疫/抗病有关，7个与代谢等有关；发病中等与未发病鱼显著差异信号通路主要体现在23个通路中，其中13个与免疫/抗病有关，10个与代谢等有关；发病严重与与未发病鱼显著差异信号通路主要体现在14个通路中，其中9个与免疫/抗病有关，5个与代谢等有关。显著性信号富集通路主要体现在信号转导、抗病、免疫、细胞通讯、代谢等信号通路上。说明这些信号通路或通路上的基因在抗病过程中起到了重要的作用。
该研究结果从转录组水平发掘镜鲤抗病的功能基因及其调控通路，为开展揭示抗病机理，培育镜鲤抗病新品种具有重要的作用。