标记指导的家系选育技术的简要流程是在表型选择的基础上，辅以电子标记识别个体，进而使用约30个多态性的SSR标记检测亲本个体的基因型，用自主开发的“鱼类种质资源遗传分析平台（ZL200710144749.3）”将数据转换为PHYLIP软件识别的格式，进而计算亲本个体间的遗传距离，并绘制聚类图，导出亲本的繁殖系谱，选择亲本间遗传距离在最佳配组阈值（D=0.5~0.7）范围内，并位于不同繁殖系谱的个体交叉繁育家系。

2010年6月并培育出了体型偏长的F2核心群体，2-龄（2011年）平均体重达到1663g，最大个体2225g，平均体长36.88cm，较同龄松浦镜鲤的体型显著偏长，累计选择强度近20:1。后备亲鱼植入电子标记后，用29个QTL区间内的标记建立了亲本个体的基因型档案，评估了群体的遗传结构及个体间的遗传差异。结果核心群体的平均等位基因数（A）为6.1818±2.6302；平均有效等位基因数（Ne） 为3.6542±2.2156；平均观察杂合度（Ho）为0.6591±0.2143，表明核心群体保持了较高的遗传多样性水平，具备进一步选育优良个体的能力。
部分个体经过2年度的室内强化培育，达到了性成熟，再次用标记指导的家系选育技术构建体型偏长镜鲤F3（2012年）混合群体2组，共3000尾，作为长型镜鲤F3培育的基础群体。秋季首次筛选获得体型优良个体600尾，选择强度5:1，4月龄体长体高比为2.79±0.15，较同规格的F2提高了9.8%。