分子育种技术和BLUP技术两个服务平台的建立

1、通过全基因组随机测序的办法挖掘鲤鱼基因组数据，主要包括：（1）采用罗氏公司454测序技术共完成7倍基因组的随机测序，获取数据共12 Gbp；（2）采用Illumina公司Solexa测序技术共完成114倍基因组的随机测序，获取数据近200 Gbp；（3）采用常规Sanger法对鲤鱼大片段基因组文库（BAC文库）进行随机双末端测序，共获得BAC末端序列约8万条。目前基于这批数据的分析工作正在进行中，已经取得一批初步成果。由于鲫鱼基因组测序主要目的为标记开发，转录组深度测序一样可以完成此任务，且可以获得大量功能基因序列，因此项目组将之调整为对鲫鱼转录组进行深度测序，目前已经完成测序文库制备，测序结果尚未拿到。

2、由于鲤鱼全基因组测序尺度较大，且来源于一条雌核发育的双单倍体鲤鱼，需要采用全基因组重测序的技术手段挖掘SNP标记，因此SNP标记的发掘进度推迟。为了能够提供足够的分子标记，项目组改为挖掘全基因组尺度的微卫星标记，分别从基因组随机454测序数据和BAC末端测序数据获取了一批微卫星数据，包括：（1）来源于1.5 Gbp鲤鱼454数据的微卫星序列41.7万条，其中可以引物的序列位点8.7万条；（2）来源于8万条BAC末端序列的微卫星位点1.3万多个，其中5000多个可以进行引物设计，目前已经完成了约500多个BAC锚定的微卫星标记的连锁图谱作图，这些标记将对连锁图谱和基因组图谱的整合具有重要意义。

3、完成鲤鱼转录组深度测序，其中对成鱼多组织混合样品的454测序已经完成1次，获得约75万条转录组序列，此外尚有3个454测序即将完成；经过对75万条转录组序列的初步拼接，共获得28000余条唯一重叠群，识别SNP位点约8000个；另，已经完成鲤鱼从受精卵到孵化后30天共36个不同发育时期的转录组测序，每个发育时期测序量均为2 Gbp左右，目前正在进行数据预处理；鲫鱼的转录组测序工作已经开展，已经构建完成454测序文库，由于测序设备排期问题暂时滞后，预计将于2011年3月份拿到测序结果。

4、已经设计完成支撑分子育种学研究的水产动物分子标记数据库，其中鲤鱼微卫星标记数据库和交互式查询网站已经完成，网站地址：http://genomics.cafs.ac.cn/aquassrdb。随后本项目组将继续整理多种水产动物分子标记资源，充实此数据库，并建立水产生物SNP标记数据库。