主要组织相容性复合体（Major histocompatibility complex, MHC）与免疫反应密切相关，该基因高度多态，因而其多态性与多种疾病具有较高相关性，在免疫抗病育种中具有重要作用。为此，我们对镜鲤进行了MHC基因SNP位点挖掘并依此设计了相关PCR扩增序列，在MHC class I 基因外显子3（α2 结构域）和MHC class II基因外显子3（β2 结构域）和外显子4（β2 结构域）区域共设计了3对引物，并在所采集的经病原感染死亡和成活的65尾镜鲤个体中进行了多态性与抗病相关性的研究。在采集个体的外显子序列中，分别检测到了5-6个变异的核苷酸位点，其中2-6个位点可影响编码的氨基酸序列。在所获得的I类基因序列exon2中，两组个体同时在碱基位点T-A转换上，找到一个相关检验表明差异显著性的位点（Pearson 2=4.046, df =1, P=0.044）。在所获得的II类基因序列exon3-exon4中，两组个体在碱基位点A-G颠换中，找到一个相关性检验表明差异极显著性的位点（Pearson 2=20.526, df =1, P=0.000）。应用经过爆发性死亡而存活下来的其它组样品对两个标记进行了分子水平验证，表明该位点是与抗病性能显著相关的。
根据已筛选两个抗病相关基因标记，将500尾体型完好、无疾病的德国镜鲤电子标记亲鱼并分组，构建镜鲤抗病基础选育群体。根据分子标记分组结果，共构建家系11个，待夏花培育完后，放入网箱中进行抗病力研究。结果表明，5个网箱成活率高于对照组，其中3组成活率较显著，抗病力比对照组分别提高20.0%、59.5%和74.6%。将5组成活率较高的F1家系电子标记。