cDNA-AFLP（cDNA-amplified fragment length polymorphism，cDNA-AFLP)分子标记技术是结合了mRNA差异显示反转录PCR技术和扩增片段长度多技术的优点而发展而来的一种检测cDNA多态性的方法。该技术具有无需了解序列信息、灵敏性高、重复性好和操作相对方便等优点，可对生物体转录组进行全面的分析。通过对RNA的用量，酶切，连接，预扩增和选择扩增各个关键步骤的对比实验，获得了适合鲤鱼的cDNA-AFLP反应体系。结果表明，采用MseI和 BstYI酶切鲤鱼cDNA 100ng，分别处理2h和3h后，以接头浓度分别为2pmol/ul和0.2pmol/ul、酶浓度为0.12U/ul的反应体系进行连接；预扩增后以50倍稀释的产物为模板、BstYI和MseI比例为1:4的引物配比进行选择扩增可得到稳定的扩增结果。本研究建立的cDNA-AFLP技术将为鲤鱼转录组研究建立技术支持和平台。