鲤鱼全基因组序列图谱于2011年5月6日宣布完成绘制。

鲤鱼基因组有100条染色体，是目前完成全基因组测序研究物种中染色体数目最多的动物。此次发布的鲤鱼基因组框架图，是以中国养殖最广的鲤鱼品种的雌核发育纯系单个个体为测序对象，测定了超过100倍覆盖率的高质量数据。经过全基因组鸟枪法数据拼接和组装等多种技术途径，鲤鱼基因组框架图目前已经基本绘制完成。鲤鱼基因组大小约为1.7Gb, 拼接组装所获得的Scaffold的N50长度为404 kb。此外，还产生了7万多条鲤鱼BAC克隆末端序列、166万条的表达序列标签和由8万多个BAC克隆组成的基因组物理图谱。框架图分别覆盖了96.5%的BAC文库末端序列、96.2%的表达序列标签和95%的物理图谱，证实了鲤鱼基因组框架图的高度可靠性。
鲤鱼在我国有几千年的养殖历史，是我国民俗文化高度认可的具有富贵、吉祥、喜庆等象征意义的动物。我国的鲤鱼经过长时间的自然分化、人工选育，形成了形态多样、体色丰富、有鳞无鳞、对特殊环境具有较强适应性的多个地方种群和品种，使我国成为世界上鲤鱼种质资源和基因组资源最丰富的国家。鲤科鱼类也是我国最重要的水产养殖种类，年产量占我国淡水养殖总产量的70%以上，其中鲤鱼不仅是我国也是世界性的重要养殖鱼类，据世界粮农组织统计，鲤鱼养殖产业全球年产量超过300万吨。鲤鱼还是目前我国培育出品种最多的水产养殖种，在以利用基因组资源改良动植物经济性状为特征的现代农业育种技术发展过程中，鲤鱼是我国最有条件利用基因组资源进行品种改良的水产养殖物种。从物种进化角度看，鲤鱼是已开展全基因组研究物种中全基因组复制事件最多的物种，而全基因组复制作为生物基因组进化的重要历史事件在现实物种的基因组中都留下重要证据。因此，鲤鱼全基因组测序结果不仅对鲤鱼基因组辅助育种研究，快速培育抗病、抗逆、优质、高产的优良品种提供重要基础，而且对鲤科鱼类物种进化和种类分化的阐明也具有重要价值。